Megalapításáról már az 1841– 42-es erdélyi országgyűlés határozott, a magyar tudósokat és a magyar tudományt pártolókat összefogó erdélyi civil szervezet azonban – Erdélyi Múzeum Egyesület néven gróf Mikó Imre erőfeszítései s anyagi támogatása révén – csak 1859-ben alakulhatott meg.
Az Erdély tudományos akadémiájaként is emlegetett társulás legfontosabb feladatának az anyanyelv védelmét és fejlesztését tekintette. Tagjai között olyan jelentős tudósok voltak, mint a nyelvész, filozófus, természettudós Brassai Sámuel (1797–1897), a bakteriológus Hőgyes Endre (1847–1906), a levéltáros és nyelvész Szabó T. Attila (1906–1987). Az idők során az Erdélyi Múzeum Egyesület negyven tagját választotta soraiba az anyaországbeli társintézmény, a Magyar Tudományos Akadémia.
Az erdélyi tudóstársulás százötvenedik születésnapját is közösen ünnepelik november 20-án Kolozsváron: Pálinkás József, a Magyar Tudományos Akadémia  elnöke ünnepi beszédben köszönti a hosszú kényszerszünetek – négy évtizednyi tiltás – ellenére is jelentős tudományos múltra viszszatekintő egyesületet, a magyar tudományosságban betöltött szerepéről pedig R. Várkonyi Ágnes tart előadást.
Erdély Széchenyijének, Mikó Imrének a szobrát az Erdélyi Múzeum Egyesület jelenlegi elnökével, Egyed Ákossal közösen az Akadémia főtitkára, Németh Tamás koszorúzza meg.